Попробуйте сделать следующее.
Откройте файл application/modules/cron/controllers/cron.php
Найдите
Код:
$this->servers->get_server_list(false, false, array('enabled' => '1'));
Добавьте выше
Код:
$this->db->order_by('ds_id', 'asc');
В качестве эксперимента, попробуйте также убрать код получения статистики выделенного сервера.
Найдите и удалите все что между (это примерно от 1490 до 1527 строки)
Код:
/*==================================================*/
/* СТАТИСТИКА ВЫДЕЛЕННОГО СЕРВЕРА */
/*==================================================*/
и
Код:
/*==================================================*/
/* ВЫПОЛНЕНИЕ CRON СКРИПТОВ ИЗ МОДУЛЕЙ */
/*==================================================*/