1. Какую лучше выбрать ОС под такие игры как майнкрафт, раст, кс и подобные (Линукс или Виндовс)
2. Можно ли в последующем после покупки лицензии изменить шаблон для панели управления клиентов а также мини сайта?
3. Можно ли панель управления и мини сайт установить на хостинг но сделать связь с выделенным сервером? Точнее говоря если будут какие то проблемы с сервером чтобы сайт работал или наоборот.

1. Для разных игр - разные ОС. От себя рекомендую линукс, но не для всех игр есть сервера под него. Например, линукс-сервер Rust существует лишь в глубокой альфе и зело глючен.
2. Да, если знаете CSS и HTML.
3. Да, читайте инструкцию.